La primera referencia documental sobre la constitución de la Asociación de Padres de Alumnos del Centro data de abril de 1978, en que se creó su reglamento, comenzando su andadura en la Asamblea General celebrada el 24 de abril de 1979 con el nombre de “Asociación de padres de Alumnos del Instituto Médico-Pedagógico San Juan de Dios de Valladolid”. El Gobernador Civil dio su aprobación el 29 de julio de 1979, quedando inscrita en el Registro de entidades de Recuperación y Rehabilitación de Minusválidos (SEREM) en mayo de 1981.

De su primera Junta Directiva formaron parte los promotores iniciales de la Asociación, D. Juan de Castro Durán, como Presidente, D. Manuel Lozano Hernández, como Secretario, reelegidos en varias ocasiones.

Su misión era “favorecer la promoción de integración de los usuarios a nivel educativo, profesional, laboral y social, colaborando para ello con el Centro en la organización y funcionamiento del mismo en los niveles y funciones establecidos en sus Estatutos y participando en las gestiones llevadas a cabo a nivel de entidades locales, colaborando en la organización de las actividades adicionales que considerase de interés”.

Dependiente de esta misma Asociación se creó en julio de 1981 la “Escuela de Padres”, reconocida formalmente por el SEREM de Valladolid, cuya finalidad era la formación y concienciación de los padres y tutores de los alumnos del Centro.

Entre los hitos a destacar de esta época la iniciativa de crear un taller-cooperativa entre el Centro y la Asociación de Padres de Usuarios, así como el impulso en la creación del Centro Especial de Empleo en 1981, actualmente en funcionamiento.

En 1989 pasó a denominarse “Asociación de Padres pro-deficientes mentales San Juan de Dios” y así ha permanecido hasta 2016 en que se modificó por el más moderno y acorde nombre de “Asociación de Familiares y Usuarios de San Juan de Dios”.